Das Philosophische Café Innsbruck wurde 1997 in Anlehnung an Marc Sautets Pariser Café philosophique gegründet. Die Idee, ein Philosophisches Café in Innsbruck einzurichten, geht auf den Literaturwissenschaftler Martin Sexl zurück, der Anfang der 1990er-Jahre in Paris Veranstaltungen des Café philosophique besucht hatte. Sautet etablierte dort einen partizipativen Geist und eine wertschätzende Diskussionskultur und brachte die Anwesenden damit zum gemeinsamen Philosophieren über aktuelle und brisante Fragen. Gemeinsam mit den Philosoph:innen Peter Kügler, Elisabeth Mairhofer und Manfred Pascher, dem Literaturwissenschaftler und Buchhändler Ekkehard Hey-Ehrl sowie dem Sprachwissenschaftler Manfred Kienpointner gründete Sexl 1997 in Innsbruck die „Gruppe KOFFEIN“, um einmal im Monat einen Diskussionsabend zu organisieren und nach Pariser Vorbild zu gestalten.
Im Gegensatz zum ursprünglichen Café philosophique war die Gruppe KOFFEIN um ein stärker standardisiertes Format bemüht, sodass den Diskussionen immer ein kurzer Impulsvortrag einer Gastredner:in zu einem frei gewählten Thema vorausging. Dieses Format wurde bis heute beibehalten. Der erste Vortrag im November 1997, gehalten von Benedikt Erhard zum Thema „Sehnsucht Heimat“, fand im Gasthaus Steden (dem heutigen Gasthaus Anich) in der Innsbrucker Innenstadt statt. Eine Grafik des Künstlers Norbert Blaas wurde dabei zum bleibenden gestalterischen Markenzeichen des Philosophischen Cafés. In der Folge gelang es dem Organisationsteam rasch, nicht nur bekannte Vortragende – wie bspw. den späteren EU-Parlamentarier Hans-Peter Martin – zu gewinnen, sondern das Philosophische Café insgesamt als feste Größe in der Innsbrucker Kulturszene zu etablieren und mit einem breit angelegten Vortragsprogramm unter großem Publikumszuspruch zu verstetigen.
Mit der Schließung des Gasthauses Steden und dem Umzug in das Innsbrucker Altstadtgasthaus Weißes Kreuz war es Andreas Oberprantacher, der – zunächst gemeinsam mit Andreas Kriwak und Alexander Eberharter – 2004 die Leitung des Philosophischen Cafés übernahm. Ab 2006/2007 wurde das Café von Andreas Oberprantacher, Raphael Lepuschitz und Marie-Luisa Frick organisiert. Dieses Organisationsteam sollte schließlich mehr als ein Jahrzehnt bestehen und das Philosophische Café mit großem Engagement weiterentwickeln. Dabei wurde das Programm stärker interdisziplinär ausgeweitet, wobei der Anspruch leitend blieb, abseits des universitären Settings philosophische Fragen und aktuelle Problemstellungen in einer dialogorientierten Weise zu verhandeln. Darüber hinaus wurde die Plattform auch institutionell verankert und professionalisiert: So kam es ab 2011 zu einer Kooperation mit der Weiterbildungsabteilung der Universität Innsbruck. Seitdem ist das Café ein Third-Mission-Format des Innsbrucker Instituts für Philosophie. Wenig später konnten weitere Partner- und Förderorganisationen – wie die Volkshochschule Tirol, die Stadt Innsbruck und das Freie Radio Innsbruck – gewonnen werden.
Zur selben Zeit wurde die Bäckerei als permanenter Veranstaltungsort für das Café etabliert. Seit mittlerweile über zehn Jahren ist das Philosophische Café fest mit dem konsumfreien und kreativen Zentrum im Spannungsfeld von Kunst, Kultur und Öffentlichkeit verbunden.
Die einzige Veranstaltung, die seitdem nicht in der Bäckerei, sondern an der Universität stattgefunden hat, war im Juni 2014 das „Philosophische Café Spezial“ mit dem australischen Philosophen Peter Singer, der über die ethischen Grundlagen des Altruismus referierte. Dabei handelte es sich um den ersten öffentlichen Vortrag von Peter Singer in Österreich. Aufgrund von Singers kontroversen moralphilosophischen Standpunkten löste die Veranstaltung bereits im Vorfeld breite öffentliche Auseinandersetzungen und Diskussionen aus.
Im Mai 2017 konnten Raphael Lepuschitz, Marie-Luisa Frick und Andreas Oberprantacher das 20-jährige Jubiläum des Philosophischen Cafés feiern – ein Fest, das mit zahlreichen Unterstützer:innen und Freund:innen des Cafés in der Bäckerei begangen wurde.
Seit September 2019 wird das Philosophische Café von Michaela Bstieler und Sergej Seitz geleitet, ab Anfang 2022 gemeinsam mit Stephanie Graf und Florian Pistrol. Das Team zielt darauf ab, die Arbeit ihrer Vorgänger:innen fortzusetzen und das Café als eine zentrale Schnittstelle zwischen der Universität und der Innsbrucker Öffentlichkeit weiterzuentwickeln.